航运方面，截至10月5日10时，省内已停航54条客渡运航线137艘客渡船，其中，4条“小三通”航线的16艘客渡船全部停航；泉州、莆田、平潭辖区26条客渡运航线42艘客渡船全面停航；厦门市预留2条4艘厦鼓市民航线，漳州市预留2条6艘玉枕、斗美航线，视风力情况适时停航；除宁德辖区外的施工船舶已全面停工，已停工的87个水工项目、191艘施工船舶，都已进入安全水域锚泊避风；厦漳泉三地的573艘休闲旅游船已全面停航避风。